Типове местообитания (в съответствие с Директива 92/43/ЕИО)
Следните типове природни местообитания са установени в района:
• Олиготрофни води в Средноевропейски и високопланински райони със земноводна растителност с Натура код 3132. Среща се в участъци по брега на езерото, които не са покрити с вода през лятото. Характерни видове: Cyperus fuscus, Amaranthus blitum, Rorippa sylvestris и Paspalum paspaloides.
• Естествени еутрофни езера с растителност от типа Magnopotamion или Hydrocharition с Натура код 3150. Тук са включени всички растителни водни съобщества, открити в езерото Керкини: а) растителност от свободно плаващи водни растения (водна леща, плаваща лейка, водни растения), б) дълбоководна растителност с напълно потопени макрофити и с прорастващи от водата макрофити.
• Плаваща растителност от типа Ranunculion fluitantis и Callitricho-Batrachion по предпланински реки с Натура код 3260. В райони с малки или никакви водни течения. Доминира видът Potamogeton nodosus, който се съпровожда от видовете водна леща (Lemna minor), Cladophora sp.
• Постоянно течащи средиземноморски реки с растителност от типа Paspalo-Agrostidion и висящи завеси от Salix и Populus alba (Натура код 3280). Среща се по брега на езерото и по делтата на Струма.
• Алпийски и бореални съобщества с Натура код 4060. Пасищата по върховете на планината Беласица.
• Полуестествени ксерофитни тревни съобщества върху варовикови субстрати с код 6211, в който са включени ливадите и обраслите с храсти райони в подножията на планините.
• Средиземноморски влажни тревни съобщества от високи треви от типа Molinio-Holoschoenion с код 6420. Включва старите корита на река Струма, както и бреговете й.
• Тръстикови съобщества с код 72Α0. Среща се главно по дължината на северния бряг на езерото и по каналите.
• Силикатни скалисти склонове с хазмофитна растителност с код 8220.
• Букови гори от типа Asperulo-Fagetum с код 9130. Обхваща букови гори в планинските райони.
• Гори по стръмни склонове, сипеи и дефилета Tilio-Acerion с код 9180. Срещат се по деретата на планината Беласица на надморска височина 500-700 м.
• 12 Алувиални гори Alnus glutinosa и Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae) с код 91Ε0. Това са крайречните заливаеми гори на Струма и съобществата по деретата, доминирани предимно от черна елша.
• Гори с Quercus frainetto с код 9280. Срещат се в преходната зона между буковите и дъбовите гори.
• Галерийни гори със Salix alba и Populus alba с код 92Α0. Включват заливните гори на река Струма.
• Гори от източен чинар и Liquidambar orientalis (Platanion orientalis) с код 92C0. Във въпросното местообитание са включени крайречните гори от чинари на Струма.
• Букови гори от типа Luzulo-Fagetum с код 9110. Най-високите букови гори в планинската зона.
• Дъбово-габърови гори Galio-Carpinetum с код 9170. Разположени са в ниските части на планините.
• Крайречни смесени гори от Quercus robur, Ulmus laevis и Ulmus minor, Fraxinus excelsior или Fraxinus angustifolia, по бреговете на големи реки (Ulmenion minoris) с код 91F0. Включва крайречните гори по коритото на Струма, които са заливани по време на редовното повишаване на нивото на водата, както и по участъци с ниска надморска височина, наводнени от прииждащите води. Тук се срещат видове като бряст, бял ясен, черна топола и др.
• Гръцки букови гори с Abies borisii-regis с код 9270. Смесени елово букови гори по границите на източния край на планината Беласица.
• Иглолистни гори от черен бор (Pinus nigra ssp. pallasiana) с код 9536, образувани главно при залесявания в Беласица.
• Кестенови гори с код 9260. Намира се по границата на източния край на планината Беласица.
Местообитанията с кодове 6211, 9180 и 91Ε0, които обхващат полуестествени ксерофитни тревни съобщества, горите по деретата, състоящи се от Tilio – Acerion и остатъчните алувиалните гори (Αlηion glutinosae-incanae), са приоритетни местообитания за ЕС и е необходимо да се осигури цялостната им защита и опазване както от страна на различни институции, така и от страна на гражданите.
