ЗОНИ ЗА ЗАЩИТА

Регионът е разделен на 4 зони (всеки има  различна степен на защита):

Зона на абсолютна защита на природата
Тя се състои от три части: областта на колониите в крайречната гора, областта на водните линии в северозападния край на езерото и областта в планината Мавровуни, която е близо до езерото. В тази зона е разрешено само научното изследване, екологичното образование, управлението на природата.  Общата площ на зоната е около 17000 дка.

Зона на защита на природата
Тази зона в общи линии е цялото езеро и реката. Общата и площ н е около 106.000 дка. Разрешени са няколко дейности, с условието, че няма да имат открицателни ефекти над влажната зона (риболов, туризъм, опазване на проекти и др.).

Зона на еко-развитие А
Тази зона е около на езерото и реката. Общата и площ е около 397.000 дка. Разрешени са достатъчни човешки дейности с някои  специални процедури и регулация.

Зона на еко-развитие Б 
Тази зона е около на зона еко- развитие А. Тя включва най-отдалечените региони от езерото и реката, които се намират във външните граници на защитената зона. Общата площ на зоната е около 328.000 дка. Разрешени са повечето човешки дейности с минимална обвързваност.

Общи условия
В национален парк “Езеро Керкини” извън зоната на абсолютна защита на природата, са разрешени следваните дейности:
•    Научно изследване и систематичен контрол на екологичните параметри.
•    Престояването  и приминаване на гражданините в пътната мрежа.
•    Проекти с цел опазването, възстановяването и подобрението на елементите на околната среда.
•    Организирани екскурзии за гражданини с цел екологично информиране и придобиване на съпринастност.
•    Инсталирането на необходимата инфраструктура за контрола на регйона, екологичното информиране, означаването и другите функциони на защитената зона. Тези проекти трябва да се изпълняват от публични или частни институции, които имат необходимите условия след съгласието на компетентен орган на организацията на езерото Керкини.
•    Обработката на земя, която е вече узаконена.
•    Лесовъдни интервенции с цел закрилата на публични и частни горски региони и също проекти за закрила от  огън.
•    Поддръжката и ремонтътна постоянни структури, които са законни.
•    Поддръжката на пристанищните инфраструктури.
•    Поддръжката и ремонтът на подведомствената  пътна мрежа.
•    Всяко използване и дейност, която не е включена, като разрешена в общите условия е забранена.