Τύποι οικοτόπων (σύμφωνα με την Οδηγία 92/43/ΕΟΚ).
Στην περιοχή του Εθνικού Πάρκου έχουν καταγραφεί οι εξής τύποι οικοτόπων:
- Ολιγοτροφικά ύδατα σε μεσο-ευρωπαϊκές και περιαλπικές περιοχές με αμφίβια βλάστηση (Oligotrophic waters in medio-European and perialpine area with amphibious vegetation) με κωδικό 3132. Εμφανίζεται σε σημεία της όχθης της λίμνης που δεν καλύπτονται με νερό κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού. Χαρακτηριστικά είδη: Cyperusfuscus, Amaranthusblitum, Rorippasylvestris και Paspalumpaspaloides.
- Φυσικές ευτροφικές λίμνες με φυτοκοινωνίες των συνενώσεων Magnopotamion, Hydrocharitionmorsi–ranaeμε κωδικό 3150). Εδώ εντάσσονται όλες οι φυτοκοινωνίες υδρόβιας βλάστησης που διακρίθηκαν στη λίμνη Κερκίνη: α) βλάστηση ελεύθερα πλεόντων υδροφύτων (λεμνόμορφα, σαλβινιόμορφα, υδροχαριόμορφα), β) βλάστηση με τελείως βυθισμένα στο νερό υδρόβια μακρόφυτα (μεσοπλευστόφυτα), και με υφυδατικά μακρόφυτα.
- Επιπλέουσα βλάστηση υδροχαρών φυτών των ποταμών με κωδικό 3260. Σε περιοχές με μικρή ή ανύπαρκτη ροή νερού. Επικρατεί το είδος Potamogetonnodosusπου συνοδεύεται από τα είδηLemnaminor, Cladophorasp.
- Οι ποταμοί της Μεσογείου με μόνιμη ροή (Paspalo–Agrostidion) και πυκνή βλάστηση με μορφή παραπετάσματος από SalixκαιPopulusalba κατά μήκος των οχθών (κωδικός Natura 3280). Εμφανίζεται στις όχθες της λίμνης και στο δέλτα του Στρυμόνα.
- Αλπικοί και υπαλπικοί ερεικώνες με κωδικό 4060. Πρόκειται για τα βοσκοτόπια στις κορυφές του όρους Κερκίνη.
- Ημιφυσικοί ξηροφυτικοί λειμώνες σε ασβεστολιθικό υπόστρωμα με κωδικό 6211 στον οποίο εντάσσονται τα λιβάδια και οι θαμνότοποι στους πρόποδες των βουνών.
- Μεσογειακοί λειμώνες υψηλών χόρτων και βούρλων (Molinio – Holoschoenion) με κωδικό 6420. Περιλαμβάνει επιφάνειες σε παλιές κοίτες και στις όχθες του ποταμού Στρυμόνα.
- Καλαμώνες με κωδικό 72Α0. Εμφανίζεται κυρίως κατά μήκος της βόρειας ακτογραμμής της λίμνης και σε κανάλια.
- Πυριτικά βραχώδη πρανή με χασμοφυτική βλάστηση με κωδικό 8220.
- Δάση οξιάς της φυτοκοινωνίας Asperulo–Fagetumμε κωδικό 9130. Ο συγκεκριμένος οικότοπος αφορά τα υψηλά δάση οξιάς στην ορεινή ζώνη
- Δάση φαραγγιών με Tilio – Acerion με κωδικό 9180. Καταγράφηκε σε φαράγγι στο όρος Κερκίνη σε υψόμετρο 500-700 μ
- Υπολειμματικά αλλουβιακά δάση (Αlηionglutinosae–incanae) με κωδικό 91Ε0 στον οποίοεντάσσονται τα παρυδάτια (υδροχαρή) δάση του Στρυμόνα και των ρεμάτων κυρίως με σκλήθρο.
- Δάση οξυάς με πλατύφυλλη δρυ (Quercusfrainetto) με κωδικό 9280. Εμφανίζεται στη μεταβατική ζώνη μεταξύ δρυός και οξυάς.
- Δάση στοές με Salixalba ( λευκή ιτιά) και Populusalba(λευκή λεύκη) με κωδικό 92Α0. Στον συγκεκριμένο οικότοπο εντάσσονται τα παρόχθια δάση του ποταμού Στρυμόνα.
- Δάση ανατολικού πλατάνου (Platanionorientalis) με κωδικό 92C0. Στον συγκεκριμένο οικότοπο εντάσσονται τα παρόχθια δάση πλατάνου του Στρυμόνα (πλατανεώνες).
- Δάση οξιάς της φυτοκοινωνίας Luzulo–Fagetumμε κωδικό 9110. Τα υψηλά δάση οξιάς στην ορεινή ζώνη
- Δάση δρυός και γαύρου της φυτοκοινωνίας Galio–Carpinetum με κωδικό 9170. Στη χαμηλή ζώνη των βουνών.
- Μικτά δάση δρυός, φτελιάς και φράξου κατά μήκος μεγάλων ποταμών με κωδικό 91F0. Στον συγκεκριμένο οικότοπο εντάσσονται τα παρόχθια δάση της κοίτης του Στρυμόνα που υπόκεινται σε κατάκλυση στη διάρκεια κανονικών ανυψώσεων της στάθμης του νερού ή σε χαμηλές περιοχές που κατακλύζονται με την ανύψωση του υδροφόρου ορίζοντα, με είδη όπως φτελιά, φράξο, μαύρη λεύκη κ.ά.
- Ελληνικά δάση οξιάς με Abiesborisii–regis με κωδικό 9270. Μικτά δάση οξιάς – ελάτης στην μεθόριο στο ανατολικό άκρο της οροσειράς της Κερκίνης
- Δάση ορεινών κωνοφόρων με δάση μαύρης πεύκης (Pinusnigrassp. pallasiana) με κωδικό 9536, που είναι κυρίως αναδασώσεις στο όρος Κερκίνη.
- Δάση καστανιάς με κωδικό 9260. Ο συγκεκριμένος οικότοπος αποτελείται από δάση καστανιάς και απαντάται στη μεθόριο στο ανατολικό άκρο της οροσειράς της Κερκίνης.
Οι οικότοποι με κωδικούς 6211, 9180 και 91Ε0 οι οποίοι αφορούν τους ημιφυσικούς ξηροφυτικούς λειμώνες, τα δάση φαραγγιών με Tilio – Acerion και τα υπολειμματικά αλλουβιακά δάση (Αlηionglutinosae–incanae) αντίστοιχα, είναι οικότοποι προτεραιότητας για την Ε.Ε.
